Kota Yogyakarta diawali dengan pembangunan fisik istana Kesultanan Mataram Islam yang terletak di Desa Pacetokan, diapit sungai Winongo di sebelah barat dan Code di sebelah timur.[1] Dalam perkembangannya, Kesultanan Mataram Islam inilah yang nantinya terpecah menjadi empat kerajaan, termasuk dua kerajaan yang masih ada di Yogyakarta hingga saat ini, yaitu Kesultanan Yogyakarta dan Kadipaten Pakualaman